事业单位法人设立登记程序是以法规、规章等形式规定的、申请人与登记管理机关办理登记时必须遵守的方法、步骤，是贯彻《条例》精神，维护登记的严肃性、公正性的必要保障。设立登记程序依次分为申请、受理、审查、核准、发证、公告六个环节，它们相互联系，缺一不可。这六个环节的操作方法是：　　
　　（一）申请　　
　　举办单位根据事业单位设立登记的有关规定，到登记管理机关领取相应的申请表格，按规定填写好，然后，把申请书和按规定应当提交的其他文件、证件一并报送到有管辖权的登记管理机关。　　
　　（二）受理　　
　　受理是登记管理机关依法作出的接受事业单位法人设立登记申请的表示，是登记管理机关履行登记现任的起点。在受理这一程序，登记管理机关首先要对设立登记的申请进行初步核查。核查的主要内容是：申请设立登记的单位是否属于登记的范围和本登记管理机关的管辖范围；提交的文件、证件是否齐全、有效；《事业单位法人设立登记申请书》填写的是否准确、清楚。　　
　　对在这几方面都符合规定的设立登记申请，应当予以受理；对不符合规定的，登记管理机关有义务提出指导性意见。　　
　　作出受理决定后，负责受理工作的人员应在《事业单位法人设立登记申请书》有关栏目中签署同意受理的意见和受理时间，并将所有有关材料一并报送负责审查的领导。对不予受理的应通知申请单位，并退还申请材料。根据《条例》，登记管理机关作出受理决定后，应在30日时间内，作出核准登记或不予核准登记的决定。因此，受理时间必须是准确的、公开的、双方认同的，并具书面形式。　　
　　（三）审查　　
　　审查是设立登记程序中最核心的环节。在这一环节，要对申请单位提交的文件、证件、材料和其他相关情况进行全面的审查、鉴别，并作出综合判断。审查的主要内容是：　　
　　（1）是否属于本登记管理机关的管辖范围。　　
　　（2）提交的文件、证件和有着材料是否齐备、真实、有效。　　
　　（3）申请登记的事业单位名称是否符合名称管理的有关规定。　　
　　（4）批准该单位成立的批件是否真实，以及该审批机关是否有权审批。　　
　　（5）法定代表人的人选是否符合国家有关规定。　　
　　（6）宗旨和业务范围是否符合国家有关规定，用语是否规范。　　
　　（7）经费来源、开办资金数额、从业人员数额以及场所是否与其宗旨和业务范围相适应。　　
　　（8）是否能够独立承担民事责任等。　　
　　对文件、证件、材料的审查，是基本的审查方式，遇有特殊情况时，还可辅以必要的实地调查。对审查中发现的问题，应区别情况分别处理。例如，对材料不全或不符合要求的，提出指导性意见请其补交或修改；对弄虚作假的，要予以驳回，并按有着规定追究责任等。　　
　　经审查合格后，由审查人员在《事业单位法人设立登记申请书》的相应栏目签署意见，并将所有有关材料一并报送负责核准的领导。　　
　　（四）核准　　
　　核准是登记管理机关对事业单位法人设立登记申请作出最后决定的环节。在这个环节，主要是依次作两个层次工作。一是对审查环节的审查工作进行“复审”；二是根据复审情况，对事业单位法人设立登记申请作出最后决定。根据不同情况，这个最后决定，可以是“核准”，即准予登记；也可以是“不予核准”，即不准予登记。相对于受理程序的“初审”和审查程序的“审查”而言，核准这个环节所作出的结论就是“终审”。　　
　　核准设立登记或不予核准设立登记，是核准人员代表登记管理机关作出的决定，亦即登记管理机关的决定；因此，核准人或不予核准人，应是登记管理机关的最高负责人或最高负责人授权的其他负责人。　　
　　作出核准登记或不予核准登记的决定后，有关负责人应在《事业单位法人登记申请书》的“核准人意见”栏签署意见。对核准设立登记的，将有关材料移交发证人员；对不予核准设立登记的，将有关材料移交原审查人员或受理人员，由其通知申请单位并说明理由。　　
　　（五）发证　　
　　有关人员接到核准人移送的核准设立登记的材料后，应及时按照核准的登记事项及其他确定（如证书号的编制规定）印制并向被核准设立登记的事业单位颁发《事业单位法人证书》；同时，将有关材料整理归档。被核准登记的事业单位凭证书刻制公章，开立银行帐户，并向登记管理机关备案。　　
　　（六）公告　　
　　公告是指由登记管理机关将核准设立登记的事业单位法人的有关登记事项通过公开发行的报刊公之于众。这是事业单位设立登记的最后一个环节，公告的发布标志着事业单位设立登记的最终完成。登记管理机关对公告的内容，必须认真审核，经确认准确无误后，方可发布。